自分が感じる正中心と本に書いてある正中心の位置が違います。その場所を意識すると体が活性化されたような感覚になります。この位置は正中心ではないのでしょうか？

これは体型、練功のレベルによって変わります。本に書いてある位置は、一般的な解説としての位置と捉えて下さい。

現状の位置から、例えば鳩尾が緩んで横隔膜が下がればもっと下に移動しますし、腰と腹の中庸・均等の精度が上がればより奥に背中側に移動します。

なので、今の位置が否定されるものではありませんし、活性化されるとのことなので上手く行っています。

ポイントは結果、自然に現れるものと言うことを忘れないように練功して下さい。